チラシの裏2: R

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2011年8月17日水曜日

QGISでR(敗退)

QGISでRができるらしい。でもインストールで挫折しました。以下メモ。

QGIS で R - RjpWiki:
http://www.okada.jp.org/RWiki/?QGIS%20%A4%C7%20R#e96ad11c
月の杜工房 - QGISからRに接続:
http://mf-atelier.sakura.ne.jp/mf-atelier/modules/tips/index.php/software/qgis/qgis_r.html
manageRというプラグイン
Qgis Basic Stats Plugin:
http://www.maths.lancs.ac.uk/~rowlings/Software/Spqr/
Spqrというプラグイン

QGISでRを使うには
R
RPy2
NumPy
が必要らしい。
Rはバイナリのパッケージインストールではダメらしい。ソースからインストールって何。
RPy2はダウンロードはできたけどインストールができない。さっぱりさっぱり。
NumPyだけはインストールできた。Getting Numpy>SourceForge download site for numpyでインストールしてあるPythonに対応するものをインストール。自分のは2.7でした。

書き起こしてみると躓いてるところがわかるなあ。RをソースからインストールしてRPyをインストールしなくてはいけないんだな。

2011年8月1日月曜日

RでGIS 4

いよいよ課題。コドラート法とやらをやってみる。

ポイントが重複してるのは受け付けないんだそーだ。
LibreOfficeで座標の重複している行を削除して試行。

> StrokePoints <- read.table("tanigawa.csv", sep=";", header=TRUE)

> X <- ppp(StrokePoints$X, StrokePoints$Y, c(138.9,139), c(36.8,36.9))
> plot(X)

> quadratcount(X, nx=5, ny=5)
               x
y               [138.9,138.92] (138.92,138.94] (138.94,138.96] (138.96,138.98] (138.98,139]
  (36.88,36.9]               2               0               0               0            0
  (36.86,36.88]              0               0               0               0            0
  (36.84,36.86]              0              18               4               1            0
  (36.82,36.84]              0               7               6               0            0
  [36.8,36.82]               0               0               1               0            0
> plot(X)
> plot(quadratcount(X, nx=5, ny=5), cex=1.2, add=TRUE)

> plot(X, cex=0.2, main="")

> plot(quadrat.test(X, nx=5, ny=5), col=1, cex=1.5, add=TRUE)

警告メッセージ：
Some expected counts are small; chi^2 approximation may be inaccurate

なんで警告でるのかわからんけど。ここが僕の限界みたいです。

RでGIS 3

せっかくなので読み込ませたcsvファイルで遊ぶ。

> library(geosphere)

> library(sp)

> library(maptools)

> library(spatstat)

#どれが必要なライブラリなのかわからん。

> pnt_xy <- cbind(StrokePoints$X,StrokePoints$Y)

> plot(pnt_xy)

> pnt_sp <- SpatialPoints(data.frame(StrokePoints$X,StrokePoints$Y))
> bbox(pnt_sp)

> pnt_spdf <- SpatialPointsDataFrame(pnt_xy, StrokePoints)
> head(pnt_spdf)

> plot(pnt_spdf)

なんだねこれは

RでGIS 2

次、csvファイル(表)を読みこませる。データの信憑性はありません。

> StrokePoints <- read.table("tanigawa.csv",sep=",",header=TRUE)

#StrokePointsにtanigawa.csvを入れる。

すると…

警告メッセージ：
In scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings, :
読み込まれた項目数が，列数の倍数ではありませんでした

ちゃんとすべてのマスに何か入ってないとだめみたい。
,で区切らなければいけるけど

> StrokePoint <- read.table("tanigawa.csv")

> summary(StrokePoints)

1934,4,30,谷川岳一ノ倉沢滝沢稜線直下,2,,,2,社会人,,138.927667,36.841555                   : 1
1940,6,15,谷川岳一ノ倉沢αルンゼ,4,1,,10,遺体収,ブロック雪崩、二重遭難,138.933528,36.84717: 1
1941,2,10,谷川岳マチガ沢S字状一ノ沢出合,4,,,7,社会人,,138.942333,36.835428                : 1
1950,12,30,谷川岳西黒沢ガレ沢熊穴沢出合,5,5,,11,高校山,,138.94325,36.824866               : 1
1951,5,30,谷川岳一ノ倉沢4ルンゼ,4,,,4,大学山,,138.92675,36.845321                         : 1
1953,2,8,谷川岳田尻沢二つ目の二股,,,,11,社会人,救助隊,138.955972,36.826471                : 1
(Other)                                                                                   :38

これじゃ意味が無いんだよなあ。
LibreOfficeで地道に直す。

> StrokePoints <- read.table("tanigawa.csv",sep=",",header=TRUE)

> summary(StrokePoints)

年.月.日.発生場所.死亡.負傷.脱出.パーティ.所属.備考.X.Y
1934;4;30;谷川岳一ノ倉沢滝沢稜線直下;2;0;0;2;社会人;?;138.927667;36.841555 : 1
1940;6;15;谷川岳一ノ倉沢αルンゼ;4;1;0;10;遺体収;ブロック雪崩、二重遭難;138.933528;36.84717: 1
1941;2;10;谷川岳マチガ沢S字状一ノ沢出合;4;0;0;7;社会人;?;138.942333;36.835428 : 1
1950;12;30;谷川岳西黒沢ガレ沢熊穴沢出合;5;5;0;11;高校山;?;138.94325;36.824866 : 1
1951;5;30;谷川岳一ノ倉沢4ルンゼ;4;0;0;4;大学山;?;138.92675;36.845321 : 1
1953;2;8;谷川岳田尻沢二つ目の二股;0;0;0;11;社会人;救助隊;138.955972;36.826471 : 1
(Other) :36

あれ、セミコロンで区切られてら。

> StrokePoints <- read.table("tanigawa.csv",sep=";",header=TRUE)

> summary(StrokePoints)

       年             月               日                                 発生場所
Min.   :1934   Min.   : 1.000   Min.   : 2.00   谷川岳マチガ沢三ノ沢付近     : 2
1st Qu.:1959   1st Qu.: 2.000   1st Qu.: 6.25   谷川岳堅炭沢左俣             : 2
Median :1967   Median : 3.000   Median :15.00   谷川岳マチガ沢S字状一ノ沢出合: 1
Mean   :1967   Mean   : 4.095   Mean   :14.81   谷川岳マチガ沢S字状付近      : 1
3rd Qu.:1974   3rd Qu.: 5.000   3rd Qu.:21.75   谷川岳マチガ沢三ノ沢出合     : 1
Max.   :2001   Max.   :12.000   Max.   :30.00   谷川岳マチガ沢出合           : 1
                                                 (Other)                      :34
      死亡           負傷             脱出            パーティ           所属
Min.   :0.00   Min.   :0.0000   Min.   :0.00000   Min.   : 0.000   社会人 :21
1st Qu.:0.00   1st Qu.:0.0000   1st Qu.:0.00000   1st Qu.: 2.000   無所属 : 4
Median :1.00   Median :0.0000   Median :0.00000   Median : 3.000   大学山 : 3
Mean   :1.69   Mean   :0.8333   Mean   :0.07143   Mean   : 4.071   ?      : 2
3rd Qu.:2.00   3rd Qu.:1.0000   3rd Qu.:0.00000   3rd Qu.: 4.750   スキー : 2
Max.   :6.00   Max.   :7.0000   Max.   :3.00000   Max.   :11.000   山岳団 : 2
                                                                    (Other): 8
            備考          X               Y
?            :21   Min.   :138.9   Min.   :36.82
ブロック雪崩 : 6   1st Qu.:138.9   1st Qu.:36.84
二重遭難     : 3   Median :138.9   Median :36.84
表層雪崩     : 3   Mean   :138.9   Mean   :36.84
推定         : 2   3rd Qu.:138.9   3rd Qu.:36.85
5月に遺体発見: 1   Max.   :139.0   Max.   :36.88
(Other)      : 6

いいんじゃないでしょうか。

RでGIS

RでGIS。なんの意味があるんだろうか。

とりあえずshpファイルを表示させる。

> library(spdep)
#ライブラリの読み込み

> tanigawa <- readShapePoly("tanigawa_syokusei5")
#tanigawaにポリゴンデータのtanigawa_syokusei5.shpを読みこませる。

> tanigawa_coord <-coordinates(tanigawa)
#これなんだろう？多分描画するためのなにか。

> plot(tanigawa, col="gray", border="black", lwd=3)
#描画。面をgrayで線をblackでーとか。

なんかプログラミングみたいだなー。

重すぎて時間かかるｗ